Tussen augustus 1975 en september 1977 werd Biko viermaal door het apartheidsregime opgepakt en langdurig ondervraagd. Op 21 augustus 1977 werd hij opgesloten in Port Elizabeth. Hier werd hij telkens voor verhoor meegenomen naar het hoofdbureau van de politie. Op 7 september constateerden artsen verwondingen aan zijn hoofd. Neurologische complicaties negeerden zij. Vijf dagen later verloor Biko het bewustzijn. De aanwezige arts adviseerde ziekenhuisopname, waarop Biko naakt in de achterbak van een Land Rover naar Pretoria werd getransporteerd. De 1200 km lange rit duurde 12 uur. Enkele uren na aankomst in de Pretoria Central Prison overleed hij, 30 jaar oud en alleen liggend op de vloer van zijn cel. De lijkschouwing wees uit dat hij was gestorven aan ernstig hersenletsel en inwendige kneuzingen. Sinds maart 1976 was hij de negentiende gevangene, die onder verdachte omstandigheden was overleden. Bij zijn begrafenis waren ongeveer 15.000 mensen aanwezig onder wie diplomaten uit 12 westerse landen.